سایت رسمی حسینعلی منتظری، قائم‌مقام برکنارشده خمینی، یک فایل صوتی را برای اولین بار منتشر کرده است که در آن منتظری در دیدار با هیئت مرگ درباره کشتار زندانیان سیاسی سال ١٣۶٠ صحبت می‌کند و از کشتار زندانیان سیاسی در سال ١٣۶٠ به عنوان «بزرگترین جنایت جمهوری اسلامی» یاد می‌کند.
منتظری در این فایل صوتی خطاب به هیئت مرگ، از جمله حسین‌علی نیری حاکم شرع وقت، مرتضی اشراقی دادستان وقت تهران، ابراهیم رییسی معاون وقت دادستان و مصطفی پورمحمدی نماینده وزارت اطلاعات در زندان اوین می گوید که آن‌چه آن‌ها انجام داده‌اند در نظر او بزرگ‌ترین جنایت در جمهوری اسلامی است که از اول انقلاب تا آن زمان انجام شده است.
او علت مخالفت خود با این اعدام ها را نگرانی از "آینده اسلام و انقلاب" معرفی می کند و می گوید: "می خواهم ۵۰ سال دیگر برای آقای خمینی قضاوت نکنند و بگویند آقای خمینی یک چهره خونریز، سفاک و فتاک بود".